面對激烈競爭及對手陸續減價，城巴終於開始跟隨。1998年8月1日，城巴將廣州線的票價由180元減至150元，成人套票由280元減至260元，小童及長者單程票由125元減至110元，是該線開辦以來首次減價，估計是與同日港穗直通火車大幅調低票價有關，其中降幅最大的是廣州至九龍的高速列車，一等票價由原本的250元，調至190元，幅度達24%，與城巴的單程票價差距亦由70元減少至40元。
同年11月，城巴廣州線乘客量開始有放緩趨勢，為節省資源及成本，下午北上往廣州及早上由廣州回港班次終於取消，以節省路費及汽油成本。此外，由於城巴過境線司機全由香港人擔任，故此城巴當時需要每晚在花園酒店租房間供司機住宿，有關班次取消後亦可以節省租住酒店成本。
1999年
隨著廣深交通日益繁忙，廣深高速公路使用者日益增加，塞車及事故問題亦開始漸趨頻密，而乘客亦因為高速公路的事故問題開始改坐廣深鐵路或廣九直通火車。此外，在2000年前廣州市仍未建成內環路前，廣州城區交通比現在擠塞情況嚴重，據認識的城巴廣州線司機表示，當時由廣州花園酒店開往廣深高速公路入口往往要花個多小時甚至兩小時，故此有關情況令乘客改坐鐵路，特別是商務旅客，始終時間是金錢。
1999年5月，城巴於5月4日起至6月30日以優惠價發售4條來往粵港過境巴士線車票票價，香港至廣州的成人單程及來回車票為80元及150元，較當時一般票價90至135元低一至兩成，小童、長者單程票則為港幣70元，而來往東莞、深圳及樟木頭等地車票，亦於優惠期間特價發售，雖然只是短暫優惠，但80元可以說是非常低的價位，別忘記城巴派出的雙層巴士，成本比一般直巴公司高得多。(下圖: 城巴在專利部的巴士上貼上小型廣告，宣傳其廣州線「成人$80 長者/小童$70」的新低價。石春大師攝)
1999年中，環島旅運將廣州線票價調低為$100，而其他直通巴士公司亦相繼減價至$100，致使後來城巴亦無奈加入減價戰調低票價至$100。其他過境巴士公司使用單層巴士，無論國內徵收的養路費及高速公路收費均比城巴使用雙層巴士為低，令城巴進入捱打狀態。
下圖: 城巴繼續使用小型廣告，宣傳其「單程$100 來回$200」的長期特價。(CK攝)
2000年
到了2000年，香港過境直通巴士市場競爭已經非常激烈，市場充斥著大大小小的過境巴士公司，部份更已全線車隊採用歐洲客車，如當時的辰達永安旗下的環島旅運及國企的粵港汽車，差不多全線車隊均為新款的Scania及MAN等客車，舒適程度和城巴富豪B12相若甚至比B12更舒適。此外，各大直巴公司在港九新界多處均有站點上落，比城巴局限在金鐘，中港城及沙田第一城更為方便。
2000年1月， 城巴稱為方便市民到深圳東門購物「辦年貨」，深圳區路線於該月15日至30日推出「即日來回優惠套票」，乘客購買即日來回票最高可獲半價優惠，節省最高達八十元車費。成人優惠套票價80元，小童及長者套票價70元，周一至周日通用，平均減幅達三成至五成。但單程票價將維持不變，成人票價周一至周五需60元、周六及周日則為80元；小童及長者票價周一至周五收40元、周六及周日為60元。一個月後，城巴於2月14日至3月12日再度推出同樣優惠， 適用於二月十四日至三月十二日，城巴只稱因應上次推廣反應理想，並否認是藉此搶九鐵或其他過境巴士客源，亦未有計劃長期減價。
其他路線亦有改動，城巴首先於2000年3月永久取消中港城9時正北上廣州之路線554班次及下午4時從廣州花園酒店南下回港之路線557班次，並於同月起安排所有行走廣深高速的路線(即深圳機場，東莞及廣州)來回均要行走一小段國道後才上廣深高速公路(該段國道為介乎皇崗口岸及濱海大道之間一段國道)，有關改動更將已經開始銳減的乘客量再推向谷底。
城巴中港過境線回顧文章目錄
城巴中港過境線 – 1984-85:準備及開線
城巴中港過境線 – 1985: 加入空調巴士
城巴中港過境線 – 1987: 繼續加入空調及非空調巴士
城巴中港過境線 – 1989: 六四事件影響及加入空調新車
城巴中港過境線 – 1990: 北京巴士團
城巴中港過境線 – 大批新車加入及開辦大鵬灣、小梅沙新線
城巴中港過境線 – 1991年開辦東莞線
城巴中港過境線 – 1991年12月開辦深圳機場線
城巴中港過境線 – 1994年11月開辦廣州線
城巴中港過境線 – 1996: 富豪B12超級豪華巴士
城巴中港過境線 – 1996年混合深圳及東莞路線編號
城巴中港過境線 – 單層巴士角色、過境包車服務
城巴中港過境線 – 1998年發展、開辦樟木頭線及北方Neoplan的離開
城巴中港過境線 – 嚴重交通意外
城巴中港過境線 – 過境司機的特別生活
城巴中港過境線 – 車票及貼紙
城巴中港過境線 – 1999：迎上減價戰
城巴中港過境線 – 2000-2001：停辦服務
城巴中港過境線 – 2001：停辦之後
