繼續捱打大半年後，城巴終於在2000年12月20日發表聲明，指出由於市場競爭激烈，該公司會由12月27日起將停辦香港至深圳市、廣州及東莞之過境路線，至於深圳機場及樟木頭路線則仍會維持服務。當時的城巴企業傳訊經理劉慧瓊拒絕就市場競爭激烈，以及線路虧損情況，作進一步闡釋，只表示這乃商業秘密，亦否認這是市場出現壟斷才令他們競爭困難。
據時的報章報導，「這些路線所涉及的司機約有十多名，他們可選擇繼續留在公司，轉為駕駛其他本地路線，又或接受遣散安排，並須在月底作出決定。不過，消息人士指出，這只是第一波而已，預料餘下兩條巴士服務近二十名司機，明年二月底亦可能遭受這個厄運，因為香港至樟木頭的過境巴士服務與內地所簽的合約，明年便屆滿，而香港至深圳機場路線，則由於受永久專利所限，所以正與其他公司接洽以「買斷」之，在年底便會有結果。據悉，這條路線能成功被「買斷」的成數亦十分高。
消息人士指出，是次受影響的司機共14人，約有10輛巴士停止運作，而由於他們全屬非專利巴士司機，若繼續留任轉而駕駛其他巴士，成為專利巴士司機，每月將減少約3000元的過境津貼收入，所以初步部分員工是選擇遣散安排，但仍要待與公司商討，是否會有特惠津貼的安排才作最後定論。
他解釋，事實上公司在過境巴士服務方面所面對的競爭很多，虧損亦頗嚴重，平均每輛94座位的巴士，只有不足5名的乘客；同時，由於現時這些與內地單位簽訂的過境巴士服務合約，往往是在10年前所簽訂，當中給予內地單位的優厚條件，在現今的經營環境下未必能付出，所以在條件談不攏的情況下，亦只有結束有關服務。」
下圖：B12行走廣州線的風光從此不再。改動後城巴沒有將B12立即停用，而是改為投放至餘下的樟木頭及深圳機場路線中。(Twisk Page)
下圖: 熟悉過境線的巴士迷Simon Lee在知道此事後感到非常不捨，並於深圳線最後一日(即2000年12月26日)特別乘坐多條深圳區路線往返。以下圖片攝於當日，拍攝地點為深圳市，文錦渡口岸及沙頭角口岸。
首段階取消過後
在取消大部份過境線後，城巴加密深圳機場線的班次，於2000年12月28日起將每日來往香港及深圳機場的班次，由對開5班班次，增至每日5班往深圳機場及7班返港。往深圳機場之班次由金鐘開出，途經尖沙嘴中港城及沙田第一城上客站，並經皇崗關口，直達深圳機場。返港班次則經沙田第一城，並以中港城為終站。
香港巴士迷會曾於2001年2月3至4日舉行告別B12廣州之旅，由最熟路的肥仔強負責駕駛，當日安排會員乘搭2003先前往東莞山莊午膳，其後則安排前往一個城巴從未到達過的地方 – 廣州沙面區白天鵝賓館，當時巴士走過廣州舊城區越秀區及黃沙區，感覺非常特別。
一如前文引述的新聞中「消息人士」提及，第二波路線停辦於4個月後出現。城巴於2001年3月26日宣布，該公司所有來往深圳機場的過境巴士服務將由辰達永安接辦，而所有來往樟木頭的過境巴士服務由中旅汽車接辦，而該公司則會繼續提供過境巴士租賃（包車）服務。中旅與城巴關係密切，接辦客量不錯的樟木頭線不難理解。此外，城巴分別位於金鐘、中港城及沙田第一城之過境巴士服務票務處亦於同日起停止營業。
下圖: 攝於2001年3月25日，是城巴所有過境線運作的最後一天，相片中的333正行走樟木頭線，於樟木頭御景花園拍攝，可見客量真的不錯，而2005則於落馬洲香港管制站拍攝。(Simon Lee攝)
城巴中港過境線回顧文章目錄
城巴中港過境線 – 1984-85:準備及開線
城巴中港過境線 – 1985: 加入空調巴士
城巴中港過境線 – 1987: 繼續加入空調及非空調巴士
城巴中港過境線 – 1989: 六四事件影響及加入空調新車
城巴中港過境線 – 1990: 北京巴士團
城巴中港過境線 – 大批新車加入及開辦大鵬灣、小梅沙新線
城巴中港過境線 – 1991年開辦東莞線
城巴中港過境線 – 1991年12月開辦深圳機場線
城巴中港過境線 – 1994年11月開辦廣州線
城巴中港過境線 – 1996: 富豪B12超級豪華巴士
城巴中港過境線 – 1996年混合深圳及東莞路線編號
城巴中港過境線 – 單層巴士角色、過境包車服務
城巴中港過境線 – 1998年發展、開辦樟木頭線及北方Neoplan的離開
城巴中港過境線 – 嚴重交通意外
城巴中港過境線 – 過境司機的特別生活
城巴中港過境線 – 車票及貼紙
城巴中港過境線 – 1999：迎上減價戰
城巴中港過境線 – 2000-2001：停辦服務
城巴中港過境線 – 2001：停辦之後
